Bij endoscopie wordt er een camera gebruikt om in het paard te kijken. De meest voorkomende delen van het paard waar endoscopie wordt toegepast zijn de longen en de maag. Bij een zogenaamde bronchoscopie wordt de endoscoop via de neus tot in de luchtpijp en de splitsing van de hoofdbronchen gebracht.
Op deze manier kan het bovenste deel van het ademhalingsapparaat in beeld gebracht worden. Er kan nagegaan worden of er afwijkingen zijn aan de luchtzakken of de stembanden en of er slijmvorming in de luchtpijp is opgetreden. Bij een gastroscopie wordt de endoscoop eveneens via de neus ingebracht, maar nu zal deze via de slokdarm tot in de maag gebracht worden. Hierbij kunnen afwijkingen in de maag, zoals maagzweren, opgemerkt worden.